Im Zentrum des Kelimutu Nationalparks befindet sich der Vulkan Gunung Kelimutu. Gunung ist indonesisch und bedeutet Berg. Der letzte Ausbruch des ca. 1600m hohen Vulkans war im Jahr 1968. Auf dem Vulkan befinden sich drei Kraterseen, die alle ihren eigenen einheimischen Namen haben: Tiwu Nua Moori Koohi Fah, See der Jungen und Mädchen; Tiwu Ata Mbupu, See der Alten und Tiwu Ata Polo, der Verzauberte See. Das besondere an den Kraterseen ist, dass sie die Farbe wechseln. Von blau, grün, rot und braun, bis hin zu schwarz und weiß, können die Seen jegliche Farbe annehmen. Wann der Farbwechsel passiert, ist unberechenbar. Von mehrmals im Jahr bis zu einmal in drei Jahren ist alles möglich.
Der Legende nach ruhen in den Seen die Seelen der Verstorbenen. Die Einheimischen erzählen sich, dass jeder der drei Kraterseen nur bestimmte Seelen aufnimmt. Die Seelen der alten, guten Menschen gehen in den mittleren See, den Tiwu Ata Mbupu, die der jungen, guten Menschen in den westlichen See und die Seelen der Menschen, die Böses getan haben, gehen in den Verzauberten See. Für den Farbwechsel haben die einheimischen Stämme unterschiedliche Erklärungen. Die einen glauben, der Wechsel wird ausgelöst, wenn die Seelen ruhelos sind und der See verärgert ist. Andere glauben, dass die Seen die politische Stimmung anzeigen. Demnach deutet beispielsweise rotes Wasser auf einen Aufstand hin.
Wissenschaftlich wird das Phänomen mit unterschiedlichen chemischen Prozessen erklärt. Die im Wasser gelösten Mineralien reagieren mit unterirdischen Einströmen. Dafür sind sogenannte Fumarolen zuständig. Das sind Ausbruchsstellen unter dem See, aus denen Wasserdampf und vulkanische Gase austreten, welche dann mineralhaltiges Wasser vom Grund an die Oberfläche treiben. Andere Ansätze gehen davon aus, dass der Farbwechsel mit der Aktivität des Vulkans zu tun hat oder ähnlich wie beim menschlichen Blut, dass der Sauerstoffgehalt für die unterschiedliche Färbung des Wassers zuständig ist.
Von Moni, dem am Fuße des Vulkans gelegenen Dorf, kann man mit einer dreistündigen Trekkingtour durch den Nationalpark bis zu den Kraterseen wandern. Besucher, die nicht gut zu Fuß sind, können über eine kurvenreiche Straße an die Vulkanspitze gebracht werden. Die letzten Meter zum Kratersee-Aussichtspunktläuft man über eine Treppe.
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